Environment modules (Lmod)

El comando ***module ***es el comando central que permite la configuración y uso de las aplicaciones proporcionadas por el CESGA. Con él se fija el entorno de variables apropiado para una aplicación determinada independiente de la shell de usuario. Las aplicaciones disponibles están jerarquizadas y están ligadas a la carga previa de una combinación concreta de dependencias, actualmente el compilador con la que fue compilada y, en aplicaciones MPI, la versión de MPI usada en su compilación. Esto intenta minimizar problemas de incompatibilidades entre las distintas librerías de los compiladores/MPI.

Módulos disponibles:

*$ module avail*

…

…

…

…

Inicialmente, los únicos módulos disponibles son los pertenecientes a la sección “Core” donde se localizan compiladores y aplicaciones cuyo uso es independiente de estos (aplicaciones compiladas con la versión gcc/glibc por defecto usado como base del resto de compiladores y por tanto compatibles entre sí) .

Adicionalmente las aplicaciones están agrupadas en las siguientes áreas:

  • Comp:Compiler (key: area_compiler)

  • MPI:MPI library (key: area_mpi)

  • Bio:Bioinformatics (key: area_bioinformatics)

  • Chem: Chemistry and Materials (key: area_chemistryandmaterials)

  • Ed: Editor (key: area_editor)

  • ML: Machine Learning (key: area_machinelearning)

  • MPCFD: Multiphysics and CFD (key: area_multiphysicsandcfd)

  • Math: Math Library (key: area_mathlibrary)

  • Prof: Profiling (key: area_profiling)

  • ScA:Scientific Analysis (key: area_scientificanalysis)

  • Sim:Simulation (key: area_simulation)

  • Soft: Software Management (key: area_softwaremanagement)

  • Tool: Tool (key: area_tools)

  • VisF: Visualization and data formats (key: area_visualizationanddataformats)

Mediante la clave asociada a cada área es posible buscar las aplicaciones agrupadas en ella mediante la opción “key” del comando module:

En la sección “ORGS” aparecen las organizaciones (árboles de módulos independientes) a las que el usuario tiene acceso. Por defecto las organizaciones disponibles son:

ORGS

Compilador/glibc por defecto

cesga/2018

GCC 6.4.0 glibc 2.28

cesga/2020

Gentoo Prefix: GCC 10.1.0 glibc 2.31

Cargar un módulo para configurar el entorno para el uso de una aplicación:

*$ module load intel*

Al cargar el módulo correspondiente a los compiladores de intel la sección de aplicaciones correspondiente a estos compiladores está disponible para la carga. Aparecen los módulos de MPI disponibles. Si se carga un módulo de MPI, por ejemplo *impi*, aparece disponible la sección de aplicaciones disponibles para la combinación compiladores (intel) / MPI (impi).

Descargar un módulo/s:

*$ module unload package1 package2 …*

Módulos cargados actualmente:

*$ module list*

En un momento dado puede ser interesante cambiar los compiladores en uso:

*$ module swap intel gcc*

Con este comando se cambiarán todas las librerías/aplicaciones dependientes del compilador. Si no existieran las aplicaciones para el compilador los módulos correspondientes se marcan con inactivos, inhabilitando su uso hasta que se haga el cambio de nuevo al compilador original:

Los módulos contienen pequeñas guías de uso de las correspondiente aplicaciones/librerías. Estás se obtienen mediante el comando:

*$ module help packageName*

Hay que tener en cuenta que para obtener la ayuda de un módulo determinado mediante este comando este debe listarse mediante el comando “modula avail”, es decir, las dependencias en su jerarquía cargadas.

Para obtener ayuda sobre el propio uso del comando module:

*$ module help*

Para ver todas las aplicaciones/librerías disponibles independientemente de los compiladores/MPI de los que dependan se usa el comando:

*$ module spider*

Sin ningún argumento este comando proporciona la lista completa de aplicaciones/librerías disponibles.

Es posible buscar mediante este comando si una aplicación está disponible: